P2 实验室主洁净实验室自成一区，安排在整体实验室的靠边角落处，这也是P2 实验室的核心区域。P2 实验室限制外来人员的出入，有洁净要求的房间设置在人员干扰较少的地方，辅助房间设计在外部。由于需要考虑微生物实验的操作流程，检测室与洗刷消毒室和培养室相邻，方便人流与物流的分离。为了控制人员的出入，只设有一个门进入微生物实验室主洁净区，操作人员进入人流走廊后进入准备间，并从准备间分别经过一更、缓冲进入操作区; 经过更衣、风淋、缓冲进入局部百级实验室。物流则通过传递窗实现。

P2 实验室的建设可以共用已有的建筑物，与建筑物其他部分可以相通，但是应该设有可自动关闭的带锁的门，因此P2 实验室大多数是在原有建筑物内进行改建而成。由于微生物实验的特殊性，总体布局和各区域的安排应符合实验流程的要求，尽量减少往返或迂回，降低对样品污染和对人员与环境的危害。门口应设有生物安全标识，只有相关人员才能进入。P2 实验室布局设计应满足检测需要，一般设计包括: 1 间局部百级的细菌检测室，1间真菌检测室，1间致病菌检测室，1间霉菌培养室，1间细菌培养室，1间微生物仪器鉴定室，1间菌种保存室，1间洗刷消毒室。